Sean Ferguson est né dans la communauté isolée de Fort Vermilion, dans le nord de l'Alberta. Il vit à Montréal depuis 1990, où il a étudié la composition à l'Université McGill. Il enseigne la composition et codirige les Digital Composition Studios. Il a entamé son deuxième mandat en tant que doyen de l'École de musique Schulich en 2022, après avoir été doyen de 2011 à 2016. Il a été directeur du Centre interdisciplinaire de recherche en musique, médias et technologie (CIRMMT) de 2009 à 2011 et directeur associé (artistique) du CIRMMT de 2006 à 2009. De 1997 à 2001, il a été conseiller de la Société québécoise de recherche en musique, pour laquelle il a été le coordonnateur artistique de trois festivals de musique québécois d'une durée d'une semaine. De 1999 à 2009, il a été membre du comité artistique de la Société de musique contemporaine du Québec. Sa fascination pour les mécanismes de la perception l'a amené à mener des recherches approfondies en psychoacoustique et à incorporer ses découvertes dans son langage compositionnel. Les exigences informatiques de ces modèles psychoacoustiques ont également éveillé son intérêt pour la composition assistée par ordinateur.
